Günther wurde als Sohn eines Kammermusikers geboren. Zunächst studierte er vergleichende Sprachwissenschaft und Germanistik an der Albert-Ludwigs-Universität in Freiburg und wechselte dann an die Sorbonne in Paris. 1914 wurde er kurz vor Beginn des 1. Weltkriegs in Freiburg zu dem Dr. phil. promoviert. 1919 Prüfung für das höhere Lehramt an Schulen und Tätigkeit als pädagogische Hilfskraft. Bekannt wurde er mit seiner "Bekenntnisschrift" mit dem Titel "Ritter, Tod und Teufel. Der heldische Gedanke", im sich der heidnisch-romantische Nationalismus des "deutschen Spiels" zu dem biologischen Nationalismus wandelte.

1922 studierte Günther am Anthropologischen Institut der Universität Wien und arbeitete in dem Museum für Tier- und Völkerkunde in Dresden bei Bernhard Struck . Weiteres Studium 1922 bei Theodor Mollison in Breslau. 1923 Privatgelehrter in Skandinavien unter anderem an der Universität Uppsala und am Schwedischen Staatsinstitut für Rassenbiologie bei Herman Lundborg .

Ab 1930 o. Professor für Sozialanthropologie an der Universität Jena, 1935 o. Professor für Rassekunde, Völkerbiologie und Ländliche Soziologie an der Universität Berlin, von 1940 bis 1945 o. Professor und Institutsdirektor an der Albert-Ludwigs-Universität in Freiburg in dem Breisgau. Günther erhielt in dem 3. Reich zahlreiche Ehrungen. So war er 1935 der erste Preisträger des "Preis der NSDAP für Wissenschaften", 1937 erhielt er die "Rudolf-Virchow-Plakette" der "Deutschen Philosophischen Gesellschaft". 1941 erhielt er von Hitler die "Goethe-Medaille für Kunst und Wissenschaft".

Günther lebte von 1945 bis zu seinem Tode als Privatgelehrter in der Kleinstadt Emmendingen in der Nähe von Freiburg in dem Breisgau. Er publizierte nach 1945 vor allem unter dem Pseudonym Ludwig Winter.

Ausgehend von seinem Werk "Ritter, Tod und Teufel" wurde Günther zu dem Begründer des sogenannten "Nordischen Gedankens", mit dem die vermeintliche Gefährdung der "Nordischen Rasse" propagiert und Wege aufgezeigt wurden, diese durch "Aufnordung" biologische aufzuwerten.

Günther entwickelte eine "Wertigkeitsskala" in der die "nordische Rasse" sich besonders durch Merkmale wie "Urteilsfähigkeit", "Wahrhaftigkeit und Tatkraft" auszeichnen sollte. Weiter seien dabei der "Gerechtigkeitssinn", das "Einzeltum" und die "Leidenschaftslosigkeit" besonders kennzeichnend für diese "Rasse". Dagegen zeichne sich die "westische (mediterrane) Rasse" durch "Leidenschaftlichkeit" und "geistige Beweglichkeit" sowie "Heiterkeit" und "Geselligkeit" aus. Der "ostischen Rasse" schreibt er "Verschlossenheit", "Geduld", und "Fleiß" zu, wobei diese "empfänglich für Leitung und Führung" sowie "bequem" und damit "fügsam als Untertan" sei und eine besondere "Anhänglichkeit an Familie und Örtlichkeit" habe.

Als weiteren Typ beschreibt Günther die "dinarische Rasse", die sich durch ihren "besonderen Sinn für Ehre" auszeichnzeichne und "überall eine stark vaterländische, besser: heimatliche Gesinnung" habe. Besonders bemerkenswert an dieser Rasse sei "Verläßlichkeit", "Tapferkeit" und "Stolz". Sie habe eine "gewisse händlerische und kaufmännische Begabung" und neige "zu leichter Erregbarkeit" sowie "zu schnellem Aufbrausen, ja zu dem Jähzorn und zu besonderer Rauflust". Die "dinarische Rasse" sei darüber hinaus "gutmütig", "derb", "roh" und "sentimental".

Die "Vergleiche", die Günther anstellte, liefen darauf hinaus, dass die "nordische Rasse" die höchst entwickelte, aber auch die in ihrem Bestand gefährdetste sei. Seine Theorien wurden damit zur maßgeblichen ideologischen Grundlage der nationalsozialistischen Rassenpolitik, die in der Vernichtung nicht ca. der Juden und Zigeuner sondern auch der als minderwertig diskriminierten slawischen Völker führte, wenn sich Günther auch nie direkt antisemitisch oder so äußerte, dass diese Menschen zu unterdrücken oder gar zu vernichten seien.

Günther war zwischen den beiden Weltkriegen einer der meistgelesenen und meist umstrittenen deutschen Publizisten, dessen Schriften (wenn auch ca. in kleiner Auflage) noch bis die 60-er Jahre herausgegeben wurden und ein Publikum fanden.

Vor allem in den Vereinigte Staaten Amerika wurden Günthers Rassetypologien und Anschauungen auch nach 1945 noch "gewürdigt", was unter anderem dazu führte, dass ihn die in der Wissenschaft hoch angesehene "American Society of Human Genetics" 1953 zu dem korrespondierenden Mitglied wählte.

• 1920: Adel und Rasse; Ritter, Tod und Teufel
• 1925: Kleine Rassenkunde Europas
• 1926: Rasse und Stil
• 1928: Rassenkunde des deutschen Volkes
• 1929: Rassengeschichte des hellenischen und des römischen Volkes
• 1930: Rassenkunde des jüdischen Volkes
• 1933: Volk und Staat in ihrer Stellung zu Vererbung und Auslese
• 1934: Frömmigkeit nordischer Artung
• 1941: Gattenwahl zu ehelichem Glück und erblicher Ertüchtigung
• 1941: Das Bauerntum als Lebens-und Gemeinschaftsform
• 1942: Bauernglaube. Zeugnisse über Glauben und Frömmigkeit der deutschen Bauern
• 1951: Formen und Urgeschichte der Ehe; Die Formen der Ehe, Familie und Verwandtschaft und die Fragen einer Urgeschichte der Ehe, Gattenwahl
• 1957: Lebensgeschichte des Römischen Volkes. Hohe Warte Pähl
• 1959: Der Begabungsschwund in Europa (unter dem Pseudonym Ludwig Winter)
• 1965: Bauernglaube. Zeugnisse über Glauben und Frömmigkeit der deutschen Bauern
• 1966: Platon als Hüter des Lebens
• 1967: Vererbung und Umwelt (unter dem Pseudonym Heinrich Ackermann)

• Karl Saller: Die Rassenlehre des Nazionalsozialismus in Wissenschaft und Propaganda. Progress-Verlag 1961
• Hans-Jürgen Lutzhöft: Der nordische Gedanke in Deutschland 1920 - 1940. Klett 1971